原位杂交技术（in situhybridization）是以标记的核酸分子为探针，在组织细胞原位检测特异核酸分子的技术。使含有特异序列、经过标记的核酸单链即探针，在适宜条件下与组织细胞中的互补核酸单链即靶核酸发生杂交，再以自显影或细胞化学方法对标记探针进行探测，从而在细胞原位显示特异的DNA或RNA分子。
可以检测cRNA、miRNA、LnRNA、DNA。可以各种种属的标本，包括哺乳动物、爬行动物、菌、植物标本。也可以检测组织芯片。
植物原位杂交在遗传育种方面的应用主要包括：
检测物种或品种特异性：通过植物原位杂交技术可以检测出不同物种或品种之间基因表达的差异，从而为物种或品种特异性研究提供依据。
遗传育种：通过植物原位杂交技术可以检测到不同品种之间基因表达的差异，从而为遗传育种提供重要的参考信息。例如，通过将特定的外源基因导入到植物细胞中，然后利用原位杂交技术检测该基因在植物细胞中的位置和表达情况，为遗传育种提供重要的参考信息。
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